Uit de Europese begrotingsregels vloeien taken voort voor de nationale autoriteiten die verantwoordelijk zijn voor het beheer van de fondsen. Zij moeten goed werkende beheers- en controlesystemen inrichten bij de besteding van EU-middelen. Met goed werkende systemen worden fouten in de uitgaven op tijd ontdekt. De onafhankelijke controleur (auditautoriteit) beoordeelt de kwaliteit van de beheers- en controlesystemen en de declaraties. In Nederland is de Auditdienst Rijk onafhankelijk controleur. Het foutenpercentage in de einddeclaratie van een fonds mag niet hoger zijn dan 2 procent. Voor het ELGF constateert de Auditdienst Rijk als steekproefresultaat een foutmarge van 2,27 procent. Deze is dus hoger dan toegestaan. Hierdoor heeft de Auditdienst Rijk geen goedkeurende verklaring kunnen afgeven voor het ELGF. De EU zal een conformiteitsprocedure voor dit fonds starten. De uitkomsten van deze procedure worden in 2023 verwacht.

Volgens de departementale jaarverslagen wijzen de controlerapporten van de auditautoriteit erop dat in Nederland de beheers- en controlesystemen in het gebroken boekjaar 2021-2022 naar behoren functioneerden. Tabel 3.4.1 geeft een overzicht van de systeemoordelen en de foutpercentages per fonds.