Het Eigen Middelenbesluit is per 1 oktober 2016 in werking getreden.7 Dit heeft twee effecten voor Nederland gehad die onderstaand worden toegelicht. Het kabinet heeft besloten om het kader te corrigeren voor deze effecten, aangezien de omvang van het bedrag, in combinatie met de mate waarin het kabinet hierop nog kon sturen, op gespannen voet stond met het uitgangspunt dat de begrotingsregels bestuurlijke rust, eenvoud en duidelijkheid vooraf moeten bieden. Het betreffen daarom technische mutaties.

Met het nieuwe Eigen Middelenbesluit is de verlaging van de perceptiekostenvergoeding voor de invoerrechten per 1 oktober 2016 ingevoerd. Daardoor had Nederland in de maanden oktober tot en met december recht op 20% vergoeding in plaats van 25%. Dit zorgde in het laatste kwartaal van 2016 voor lager dan verwachte perceptiekostenvergoedingen en netto hogere Nederlandse afdrachten van 41 mln.

Daarnaast zijn met de ratificatie van het Eigen Middelenbesluit de kortingen op de nationale afdrachten geëffectueerd. De nationale afdrachten die hierdoor gewijzigd zijn, zijn door de Europese Commissie verwerkt in de vijfde aanvullende begroting 2016. De aanname van deze aanvullende begroting door het Europees parlement heeft laat in 2016 plaatsgevonden, waardoor de feitelijke kasontvangst van de Nederlandse korting doorgeschoven is naar 2017.