Het FES is een verdeelfonds dat bijdragen verstrekt aan de begrotingen van de vakdepartementen ten behoeve van economische structuurversterkende projecten. Ten laste van het fonds komen derhalve geen directe betalingen aan projecten. De feitelijke projectuitgaven worden verantwoord in de jaarverslagen van de desbetreffende vakdepartementen. Deze departementen zijn verantwoordelijk voor de rechtmatigheid en doelmatigheid van de met FES-bijdragen gefinancierde uitgaven.