De Europese Commissie draagt vanuit Horizon 2020 bij aan publiekpublieke en publiekprivate programma's. Publiekpublieke programma’s op basis van artikel 185 VWEU zijn programma’s waarin lidstaten een afgestemd beleid willen voeren op het gebied van onderzoek en innovatie om zo een groter effect te bereiken dan alleen nationaal mogelijk is. Dit betreft onder andere het programma Eurostars-2, met financiering van het Ministerie van EZ. Eurostars-2 is een Europees innovatieprogramma voor het onderzoek uitvoerende MKB, maar ook andere organisaties kunnen (onder voorwaarden) meedoen aan Eurostars-projecten. Het programma, een samenwerking van het Eureka-netwerk en de Europese Unie, is in de afgelopen jaren zeer succesvol gebleken. Eurostars-2 zal van start gaan met een budget van naar verwachting € 1 mld voor een periode van 7 jaar, bijna driemaal zo hoog als in de voorgaande periode.

De publiekprivate programma's, zogenaamde Joint Technology Initiatives (JTI’s), zijn gebaseerd op artikel 187 van VWEU en krijgen in een aantal gevallen eveneens nationale cofinanciering. Het Ministerie van EZ is tot 2014 betrokken geweest bij de cofinanciering van de JTI's ARTEMIS en ENIAC gericht op respectievelijk embedded computing systems en nano-electronica. De JTI ECSEL (Electronics Components and Systems for European Leadership) komt in 2014 in de plaats van de huidige ENIAC en ARTEMIS, waarin het Ministerie van EZ de betrokkenheid bij de thema’s zal voortzetten als belangrijk onderdeel van de internationalisering van de topsector Hoge Tech Tystemen & Materialen (HTSM). ECSEL is een door de industrie aangestuurd publiekprivaat onderzoeksprogramma dat zich richt op projecten van pan-Europees belang, die maatschappelijke kwesties (veiligheid, energie e.d.) adresseren. De omvang van ECSEL zal naar verwachting meer dan € 5 mld bedragen, hiervan komt € 1,2 mld voor rekening van de Europese Commissie en € 1,2 mld voor rekening van de betrokken lidstaten. Het overige budget komt voor rekening van bedrijven en kennisinstellingen.