De Europese systematiek schrijft voor dat de autoriteiten die verantwoordelijk zijn voor het beheer van de fondsen goed werkende beheers- en controlesystemen moeten hebben.36 Bij goed werkende systemen worden fouten in de uitgaven tijdig ontdekt. Hierdoor kunnen declaraties met fouten zo veel mogelijk worden voorkomen. De onafhankelijke controleur, de Auditautoriteit (AA), beoordeelt de kwaliteit van de beheers- en controlesystemen en de declaratie. Het foutpercentage in de einddeclaratie van een fonds mag niet hoger zijn dan 2 procent. Wanneer een lidstaat deze norm overschrijdt, kan de EC overgaan tot sancties, zoals een tijdelijke betaalstop en terugvorderingen van het geld bij de lidstaat. In Nederland is de rol van onafhankelijke controleur belegd bij de ADR. De controlerapporten van de AA wijzen uit dat alle beheers- en controlesystemen in het gebroken boekjaar 2016–2017 goed functioneerden.37

Tabel 3.3.1 geeft een overzicht van de systeemoordelen en de foutpercentages per fonds, zoals verantwoord in de Nationale Verklaring.38 Het totaalbedrag van subsidiabele kosten is meer ten opzichte van het voorgaande jaar. Dit komt voornamelijk door de stijging van declaraties binnen de landbouwfondsen. Voor de structuurfondsen EFRO en EFMZV zijn geen uitgaven gedeclareerd.