De opzet en structuur van de onderliggende suppletoire begroting voor het Mobilteitsfonds zijn gebaseerd op de rijksbegrotingsvoorschriften van het Ministerie van Financiën. Naar aanleiding van de motie van de leden Van Helvert en Van Veldhoven (Kamerstukken II 2015–2016, 34 475 XII, nr. 12) worden bij alle begrotingsartikelen op het Mobiliteitsfonds en Deltafonds groter dan € 1 miljard de begrotingsmutaties boven de € 5 miljoen toegelicht. Dit heeft als praktische uitwerking dat bij de artikelen tussen de € 200 miljoen en € 1 miljard de ondergrens voor technische mutaties ook neerwaarts is bijgesteld. Voor beleidsmatige mutaties was er bij de artikelen van deze omvang reeds sprake van een ondergrens van € 5 miljoen.