Van de totale Europese uitgaven wordt ongeveer 80 procent uitgegeven via fondsen in gedeeld beheer. Bij deze fondsen zijn de lidstaten er medeverantwoordelijk voor dat de beheers- en controlesystemen goed functioneren en de EU-middelen op de juiste manier worden besteed. Jaarlijks leggen de beleidsverantwoordelijke departementen hierover verantwoording af in departementale jaarverslagen. Onderdelen van de verantwoording zijn de subsidiabele kosten en daarmee de totale uitgaven, en de werking van de beheers- en controlesystemen. Door alle fondsen samen heeft Nederland voor 1,03 miljard euro aan kosten gedeclareerd. Het totaalbedrag van subsidiabele kosten is stabiel ten opzichte van het vorige jaar.
Figuur 3.4.2 Ontwikkeling totale subsidiabele kosten (fonds + cofinanciering)
Landbouwfondsen
Het Gemeenschappelijk landbouwbeleid (GLB) kent twee fondsen: het Europees Landbouwgarantiefonds (ELGF) en het Europees Landbouwfonds voor Plattelandsontwikkeling (ELFPO). Het ELGF richt zich op stabielere landbouwinkomens. Het ELFPO heeft als doel de kwaliteit van alle plattelandsgebieden in de EU te verbeteren31. Het Ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit (LNV) is beleidsverantwoordelijk voor de uitvoering van de fondsen. In het gebroken boekjaar 2019-2020 heeft Nederland rond de 815 miljoen euro gedeclareerd voor beide landbouwfondsen.
Structuur- en investeringsfondsen
De structuur- en investeringsfondsen (ESI) hebben als doel het regionaal beleid van de EU uit te voeren. Het Europees Fonds voor Regionale Ontwikkeling (EFRO) en het Europees Sociaal Fonds (ESF) zijn bedoeld om de economische en sociale cohesie in de EU te versterken door te zorgen voor evenwicht tussen de regio's. Het Europees Fonds voor Maritieme Zaken en Visserij (EFMZV) is gericht op de ontwikkeling van een verantwoorde visserijketen. Ook maakt dit fonds afspraken die de stabiliteit van de vismarkt bevorderen. Het Fonds voor Europese hulp aan de meest behoeftigen (EFMB) versterkt de sociale samenhang door te trachten armoede onder de meest behoeftigen terug te dringen32. Het Ministerie van Sociale Zaken en Werkgelegenheid is verantwoordelijk voor het ESF en EFMB. Het Ministerie van Economische Zaken en Klimaat is verantwoordelijk voor het EFRO en het Ministerie van LNV is verantwoordelijk voor het EFMZV. In het gebroken boekjaar 2019–2020 declareerde Nederland in totaal 186 miljoen euro bij de structuur- en investeringsfondsen.
Migratie- en veiligheidsfondsen
De Europese migratie- en veiligheidsfondsen bestaan uit het Asiel-, Migratie- en Integratiefonds (AMIF) en het Fonds voor de Interne Veiligheid (ISF). Het Ministerie van Justitie en Veiligheid is beleidsverantwoordelijk voor de uitvoering van beide fondsen. Vanuit deze fondsen stimuleert het ministerie het efficiënt beheer van migratiebewegingen. Ook zijn de fondsen erop gericht het gezamenlijk asiel- en immigratiebeleid te versterken, te ontwikkelen en uit te voeren. Bovendien stimuleren de fondsen de uitvoering van de Europese «Internal security strategy» en samenwerking rond rechtshandhaving. Tot slot beheert het ministerie vanuit de fondsen de buitengrenzen van de EU. In het gebroken boekjaar 2019-2020 declareerde Nederland in totaal 27 miljoen euro voor de migratie- en veiligheidsfondsen.