Uit de Europese begrotingsregels vloeien taken voort voor de nationale autoriteiten die verantwoordelijk zijn voor het beheer van de fondsen. Zij moeten goed werkende beheers- en controlesystemen inrichten bij de besteding van EU-middelen. Met goed werkende systemen worden fouten in de uitgaven op tijd ontdekt. De onafhankelijke controleur (auditautoriteit) beoordeelt de kwaliteit van de beheers- en controlesystemen en de declaraties. In Nederland is de Auditdienst Rijk onafhankelijk controleur. Het foutenpercentage in de einddeclaratie van een fonds mag niet hoger zijn dan 2 procent. Voor het ELGF constateert de Auditdienst Rijk als steekproefresultaat een foutmarge van 3,29 procent. Deze is dus hoger dan toegestaan. Hierdoor heeft de Auditdienst Rijk geen goedkeurende verklaring kunnen afgeven voor het ELGF. Vanwege eerdere bevindingen heeft de EU een conformiteitsprocedure uitgevoerd, die in 2023 is afgerond. Naar aanleiding van deze procedure zal een bedrag van 41,3 miljoen euro, dat voor 100 procent was gedeclareerd ten laste van de EU-begroting maar als 50/50 procent cofinanciering diende, voor het volledige bedrag uit de Nederlandse begroting worden gefinancierd.

Volgens de departementale jaarverslagen wijzen de controlerapporten van de auditautoriteit erop dat in Nederland de beheers- en controlesystemen in het gebroken boekjaar 2022-2023 naar behoren functioneerden. Tabel 3.4.1 geeft een overzicht van de systeemoordelen en de foutpercentages per fonds.