Volgens Europese begrotingsregels moeten de nationale autoriteiten die verantwoordelijk zijn voor het beheer van de fondsen goed werkende beheers- en controlesystemen inrichten voor het besteden van EU-middelen. Met goed werkende systemen worden fouten in de uitgaven tijdig ontdekt. De onafhankelijke controleur, de auditautoriteit, beoordeelt de kwaliteit van de beheers- en controlesystemen en de declaraties. In Nederland is de Auditdienst Rijk onafhankelijk controleur. Het foutpercentage in de einddeclaratie van een fonds mag niet hoger zijn dan 2 procent. Volgens de Nationale Verklaring 2020 (zie bijlage 3) wijzen de controlerapporten van de auditautoriteit erop dat in Nederland de beheers- en controlesystemen in het gebroken boekjaar 2018-2019 naar behoren functioneerden. Tabel 3.4.1 geeft een overzicht van de systeemoordelen en de foutpercentages per fonds. De systemen en de maatregelen voor het beheer functioneerde naar behoren. Dat geldt ook voor de controle van de gelden voor alle landbouwfondsen, alle structuur- en investeringsfondsen en alle migratie- en veiligheidsfondsen.

Tabel 3.4.1 Systeemoordelen en foutenpercentages