De fondsbeheerders, de Minister van Binnenlandse Zaken en Koninkrijksrelaties en de Minister van Financiën – i.c. de Staatssecretaris van Financiën –, zijn op grond van artikel 3 Financiële verhoudingswet verantwoordelijk voor het provinciefonds. De fondsbeheerders zijn niet verantwoordelijk voor de resultaten die provincies met hun bijdrage uit dit fonds realiseren: provincies zijn, met inachtneming van de wet- en regelgeving, autonoom in het voeren van hun beleid bekostigd uit het provinciefonds. Ook de eigen provinciale belastingsopbrengsten kennen deze karakteristiek. Dit in tegenstelling tot de overige inkomstenbronnen van provincies, specifieke uitkeringen en heffingen en retributies. Niet alleen bestedingsrichting, ook de effectiviteit van de inzet van de middelen is een provinciale verantwoordelijkheid, waarin het college van gedeputeerde staten wordt gecontroleerd door de provinciale staten.

Van tijd tot tijd kunnen vragen opkomen of de provincies als collectiviteit geen andere prioriteiten zouden moeten stellen, bijvoorbeeld ter ondersteuning van gezamenlijk onderschreven prioriteiten van het Rijk. In een dergelijk geval kunnen het Rijk en de provincies bestuurlijke afspraken maken over de accenten in de bestedingsrichting van de provincies. De desbetreffende vakministers spelen hier naast de fondsbeheerders een belangrijke rol. De uiteindelijke verantwoordelijkheid voor resultaten blijft bij de provincies.