De Minister van Binnenlandse Zaken en Koninkrijksrelaties is verantwoordelijk voor de bestuurlijke en financiële verhouding met de eilanden en in die hoedanigheid voor het BES-fonds. Als fondsbeheerder draagt hij zorg voor een adequate omvang van het fonds in relatie tot de overeengekomen taakverdeling tussen Nederland en de openbare lichamen. De openbare lichamen zijn autonoom in de besteding van de vrije uitkering; dat wil zeggen dat de openbare lichamen zelf mogen bepalen welke taken en activiteiten zij bekostigen uit de algemene middelen van de vrije uitkering. Dit uitgangspunt laat onverlet dat de openbare lichamen bepaalde wettelijke taken en activiteiten dienen uit te voeren waarbij zij voor de bekostiging op de algemene middelen zijn aangewezen.

Omdat de Minister van Binnenlandse Zaken en Koninkrijksrelaties ook een coördinerende taak vervult als schakel tussen de openbare lichamen en de verschillende vakdepartementen wordt twee maal per jaar per eiland een bestuurlijk overleg georganiseerd. Deze bijeenkomsten bieden de mogelijkheid aan de besturen van Bonaire, Saba en Sint Eustatius om te overleggen met de vakdepartementen in Den Haag waarmee een goede relatie en samenwerking tussen de rijksoverheid en de drie eilandbesturen op bestuurlijk en ambtelijk niveau wordt bewerkstelligd.

De wet Financiën BES (de wet FinBES) biedt – indien nodig – instrumenten voor de Minister van Binnenlandse Zaken en Koninkrijksrelaties en de toezichthouder, het College financieel toezicht (Cft) om corrigerend op te treden op het gebied van financiën en financieel beheer. De openbare lichamen mogen in principe alleen uitgaven doen die zijn opgenomen in een door de Minister van Binnenlandse Zaken en Koninkrijksrelaties goedgekeurde begroting.

De middelen die de openbare lichamen Bonaire, Sint Eustatius en Saba uit de vrije uitkering ontvangen zijn vrij besteedbaar. Op de vrije uitkering wordt dit jaar een aantal bedragen ingehouden. Het betreft aflossingslasten voor eerder afgesloten renteloze leningen die het Ministerie van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap heeft verstrekt ter bekostiging van achterstanden in de onderwijshuisvesting, en de in 2015 verstrekte lening van het Ministerie van Infrastructuur en Milieu voor de weginfrastructuur op Saba.

Tot slot worden gedurende de periode 2014–2018 bedragen teruggevorderd die verband houden met de ontmanteling van de Nederlandse Antillen (voorschotten werkkapitaal). Ook deze kosten worden ingehouden op de vrije uitkering. De totale inhouding bedraagt USD 2,36 mln. in vijf jaar.