Uit de Europese begrotingsregels vloeien taken voort voor de nationale autoriteiten die verantwoordelijk zijn voor het beheer van de fondsen. Zij moeten goed werkende beheers- en controlesystemen inrichten bij de besteding van EU-middelen. Met goed werkende systemen worden fouten in de uitgaven op tijd ontdekt. De onafhankelijke controleur (auditautoriteit) beoordeelt de kwaliteit van de beheers- en controlesystemen en de declaraties. In Nederland is de Auditdienst Rijk onafhankelijk controleur. Het foutenpercentage in de einddeclaratie van een fonds mag niet hoger zijn dan 2 procent. Volgens de departementale jaarverslagen wijzen de controlerapporten van de auditautoriteit erop dat in Nederland de beheers- en controlesystemen in het gebroken boekjaar 2020-2021 naar behoren functioneerden. Tabel 3.4.1 geeft een overzicht van de systeemoordelen en de foutpercentages per fonds.

Tabel 3.4.1 Systeemoordelen en foutpercentages in EU-fondsen, in het gebroken boekjaar 2020-2021