Bij de uitvoering van de Wet op het btw-compensatiefonds is een centrale rol toegekend aan de Belastingdienst. Dit vanwege de nauwe relatie tussen de heffing van de omzetbelasting op grond van de Wet op de Omzetbelasting en de compensatie van de omzetbelasting op grond van het btw-compensatiefonds. Uit het oogpunt van eenvoud en doelmatigheid is ervoor gekozen de Wet op het btw-compensatiefonds in belangrijke mate aan te laten sluiten bij het systeem van heffing van omzetbelasting in de Algemene wet inzake rijksbelastingen. Dit betekent onder meer dat de controle van het btw-compensatiefonds onderdeel uitmaakt van de reguliere controle bij gemeenten en provincies van de aangiften omzetbelasting. De handelwijze van de Belastingdienst met betrekking tot de opgaaf btw-compensatiefonds is, gezien de nauwe relatie met het systeem van heffing van omzetbelasting, niet anders dan die met betrekking tot de aangifte omzetbelasting. Dit betekent de mogelijkheid van controle achteraf gedurende een periode van vijf jaar. Inherent aan het systeem van heffing van omzetbelasting (voldoening op aangifte met slechts beperkte informatie) is dat de controle op de juistheid van de ingediende aangiften achteraf en op basis van risicoafweging plaatsvindt. Dit is ook het geval indien sprake is van een zogenoemde negatieve aangifte (de voorbelasting overtreft de verschuldigde belasting). Slechts in uitzonderingsgevallen vormt de aangifte omzetbelasting zelf aanleiding tot het instellen van een boekenonderzoek. Voornoemde handelswijze met betrekking tot het btw-compensatiefonds betekent dat de Belastingdienst niet per uitkeringsjaar vaststelt in welke mate de uitbetaalde bedragen rechtmatig zijn geweest, maar binnen het algemene handhavingsbeleid zich er op richt om in de actualiteit te beoordelen welke gemeenten en provincies op welke aspecten het meest voor nadere toezichtsactiviteiten in aanmerking komen.

De algemene beleidsdoelstelling van de Belastingdienst is het onderhouden en versterken van de compliance bij belastingplichtigen. Hierbij maakt de Belastingdienst gebruik van de mogelijkheden die Horizontaal Toezicht biedt. In horizontaal toezicht werkt een gemeente of provincie zichtbaar aan het onderhouden en versterken van de fiscale beheersing, met als doel het opstellen en indienen van aanvaardbare belastingaangiften en opgaven voor het btw-compensatiefonds. De Belastingdienst bespreekt met de gemeenten en provincies hoe zij hun verantwoordelijkheid voor naleving van fiscale wet- en regelgeving nemen en zorg dragen voor volledige en juiste aangiften en opgaven. Daarbij wordt door de Belastingdienst zicht verkregen op hoe de gemeenten en provincies omgaan met fiscaliteit en of de randvoorwaarden voor een adequate beheersing daarvan, zijn ingevuld. De gemeenten en provincies beoordelen vervolgens zelf de opzet, het bestaan en de werking van de interne beheersing van de (fiscaal relevante) bedrijfsprocessen (monitoring). De resultaten daarvan delen zij met de Belastingdienst. Met deze informatie bepaalt de Belastingdienst in welke mate gesteund kan worden op de interne beheersing en in hoeverre aanvullende eigen werkzaamheden noodzakelijk zijn. Wanneer daar aanleiding toe is kunnen ook boekenonderzoeken worden ingezet. Dit kunnen volledige boekenonderzoeken zijn waarvan het btw-compensatiefonds onderdeel uitmaakt of deelonderzoeken die specifiek zijn gericht op de juistheid van de door gemeenten en provincies ingediende opgaven btw-compensatiefonds. In 2014 zijn 11 specifieke boekenonderzoeken voor het btw-compensatiefonds bij gemeenten en provincies uitgevoerd.