Het Ministerie van Defensie kent twee rechtspersonen met een wettelijke taak (RWT), namelijk de Stichting Ziektekostenverzekering Krijgsmacht (SZVK) en de Stichting Wetenschappelijk Onderwijs en Onderzoek NLDA (SWOON).

De Stichting Ziektekostenverzekering Krijgsmacht heeft als taak te zorgen voor het beheer en het uitvoeren van de ziektekostenverzekering voor militairen in actieve dienst. Deze militairen zijn niet verzekerd op grond van de Zorgverzekeringswet (ZVW), maar zijn wettelijk verplicht gebruik te maken van de zorgverlening door of vanwege de militair geneeskundige diensten van de krijgsmacht, zoals vastgelegd in hoofdstuk 9 Algemeen Militair Ambtenaren Reglement (AMAR) en de Regeling ziektekostenverzekering militairen.

Eind 2011 is de Stichting Wetenschappelijk Onderwijs en Onderzoek NLDA (SWOON) opgericht. Deze stichting ziet in het kader van de Wet op het hoger onderwijs en wetenschappelijk onderzoek toe op het wetenschappelijke niveau van het onderwijs en onderzoek op de Nederlandse Defensie Academie. De stichting verzorgt de wetenschappelijke bachelor en master programma’s als onderdeel van de officiersopleiding, in overeenstemming met de eisen van de Wet op het hoger onderwijs en wetenschappelijk onderzoek. Verder verleent de stichting graden die behoren bij wetenschappelijk onderwijs, laat zij opleidingen accrediteren en geaccrediteerd houden en verzorgt ze wetenschappelijk onderzoek ter ondersteuning van de wetenschappelijke opleidingen. Vanaf 2013 wordt de bijdrage aan de stichting (de jaarlijkse subsidie en de beschikbaar gestelde «om niet» middelen) expliciet opgenomen in de begroting en het jaarverslag. In 2014 heeft de stichting haar werkzaamheden naar tevredenheid uitgevoerd. Defensie heeft de stichting daarbij ondersteund door 99 formatieplaatsen ter beschikking te stellen met een gemiddelde bezetting van 88. Op basis van extracomptabele berekening wordt dit in totaal gewaardeerd op € 13,0 miljoen.