De fondsbeheerders, de Minister van Binnenlandse Zaken en Koninkrijksrelaties en de Minister van Financiën – i.c. de Staatssecretaris van Financiën – zijn op grond van artikel 3 Financiële verhoudingswet verantwoordelijk voor het gemeentefonds. De fondsbeheerders zijn niet verantwoordelijk voor de resultaten die gemeenten met hun bijdrage uit dit fonds realiseren: gemeenten zijn, met inachtneming van de wet- en regelgeving, autonoom in het voeren van hun beleid bekostigd uit het gemeentefonds. Ook de eigen gemeentelijke belastingsopbrengsten kennen deze karakteristiek. Dit in tegenstelling tot de overige inkomstenbronnen van gemeenten, specifieke uitkeringen en heffingen en retributies. Niet alleen in bestedingsrichting, ook de effectiviteit van de inzet van de middelen is een gemeentelijke verantwoordelijkheid, waarin het college van B&W wordt gecontroleerd door de gemeenteraad.

Van tijd tot tijd kunnen vragen opkomen of de gemeenten als collectiviteit geen andere prioriteiten zouden moeten stellen, bijvoorbeeld ter ondersteuning van gezamenlijk onderschreven prioriteiten van het Rijk. In een dergelijk geval kunnen het Rijk en de gemeenten bestuurlijke afspraken maken over de accenten in de bestedingsrichting van de gemeenten. De desbetreffende vakministers spelen hier naast de fondsbeheerders een belangrijke rol. De uiteindelijke verantwoordelijkheid voor resultaten blijft bij de gemeenten.