Onder het ministerie valt één baten-lastenagentschap, namelijk het Agentschap SZW. Van dit agentschap is een technische paragraaf opgenomen die bestaat uit een meerjarige begroting en een overzicht van indicatoren, met bij elk onderdeel een toelichting.

Het baten-lastenagentschap Inspectie Werk en Inkomen (IWI) is per 1 januari 2014 opgeheven. Het opheffingsbesluit is onlangs gepubliceerd1. De werkzaamheden van IWI worden voortgezet door de Inspectie SZW.