De subsidies worden verleend aan instellingen die voor Defensie een toegevoegde waarde hebben. Verder zijn de subsidie beschikkingen die Defensie verstrekt alleen bedoeld voor de specifieke subsidieaanvrager en berusten niet op wettelijk voorschrift, anders dan gelegen in de begroting en de regeling defensiesubsidies (http://wetten.overheid.nl/BWBR0013110/).

In 2017 is het Interdepartementaal Beleidsonderzoek (IBO) ‘Subsidies, robuust en proportioneel’ uitgevoerd. Dit heeft geleid tot een aantal aanbevelingen. Vanaf 2019 publiceert Defensie daarom de, vanaf dat moment uitgevoerde, subsidie-evaluaties op www.rijksbegroting.nl. De subsidies worden jaarlijks bij Defensie aangevraagd, door Defensie bezien en op risico’s beoordeeld. De grootte en eventuele risico’s zijn medebepalend voor het controle arrangement, waaronder de subsidie valt. De subsidies worden elke vijf jaar apart geëvalueerd. Tijdens de evaluatie wordt het gezamenlijk belang heroverwogen, waarna afhankelijk van de uitkomst, kan worden besloten tot afbouw van de subsidierelatie.