Naast bijdragen aan projecten draagt de Europese Commissie vanuit het Kaderprogramma ook bij aan publiek-publieke en publiek-private programma's. Publiek-publieke programma's zijn gebaseerd op artikel 185 van het Verdrag betreffende de werking van de Europese Unie (VwEU)en worden ook nationaal gecofinancierd. Het Ministerie van EZ cofinanciert één daarvan direct, het artikel 185 initiatief Eurostars, een Europees stimuleringsprogramma voor internationale samenwerkingsprojecten voor het high tech MKB. Indirect (via het standaardeninstituut VSL) wordt het artikel 185 initiatief EMPIR door EZ gecofinancierd, een programma voor onderzoek op gebied van metrologie.

De publiek-private programma's, zogenaamde Joint Technology Initiatives (JTI’s), zijn gebaseerd op artikel 187 van VwEU en krijgen in een aantal gevallen eveneens nationale cofinanciering. Het Ministerie van EZ is tot 2014 betrokken geweest bij de cofinanciering van de JTI's ARTEMIS en ENIAC gericht op respectievelijk embedded computing systems en nano-electronica. De Joint Technology Initiatives (JTIs) bevorderen de internationale kennis- en technologiesamenwerking tussen bedrijven en kennisinstellingen met als doel verhoging van productiviteit en concurrentiekracht. De JTI ECSEL (Electronics Components and Systems for European Leadership) startte in 2014, onder Horizon2020, als vervolg op ENIAC en ARTEMIS. Het programma richt zich op nano-elektronica, embedded- en smart systems.