De begroting van het BES-fonds maakt onderdeel uit van de Rijksbegroting maar heeft daarbinnen, evenals de gemeentefonds- en de provinciefondsbegroting, een eigen karakter. Zo kent de begroting van het BES-fonds in tegenstelling tot een departementale begroting slechts één beleidsartikel: het BES-fonds. Het beleid dat wordt gevoerd ter realisatie van het algemene beleid is direct verbonden met dit ene beleidsartikel. Voorts is de fondsbeheerder systeemverantwoordelijk voor het BES-fonds en niet voor de resultaten die de openbare lichamen met hun budget uit dit fonds realiseren. De openbare lichamen zijn, met inachtneming van de wet- en regelgeving, autonoom in het voeren van hun beleid bekostigd uit het BES-fonds. Om die reden bevat de BES-fondsbegroting geen output- en/of outcomegegevens.
De voorliggende toelichting bij de begroting 2013 van het BES-fonds kent de volgende indeling.
Na dit hoofdstuk met de leeswijzer start hoofdstuk 2 met de beleidsagenda van het BES-fonds, waarin onder meer wordt ingegaan op het kabinetsstandpunt referentiekader Caribisch Nederland, welke belangrijke gevolgen heeft voor de hoogte van de vrije uitkering in het BES-fonds. Vervolgens wordt ingezoomd op het beleidsartikel: het BES-fonds. Hierin komen de met het beleid samenhangende algemene doelstelling en nader geoperationaliseerde doelstelling aan bod. De tabel budgettaire gevolgen van beleid geeft inzicht in de integrale uitgaven die samenhangen met de algemene beleidsdoelstelling.
Daarna volgen de bijlagen. Deze zijn achtereenvolgens: het overzicht van de rijksuitgaven in Caribisch Nederland (naar aanleiding van motie Hachchi) en het overzicht van de eilandelijke inkomsten. In het verdiepingshoofdstuk wordt het BES-fonds in een breder kader geplaatst.