Volgens Europese begrotingsregels moeten de nationale autoriteiten die verantwoordelijk zijn voor het beheer van de fondsen goed werkende beheers- en controlesystemen inrichten voor het besteden van EU-middelen. Bij goed werkende systemen worden fouten in de uitgaven tijdig ontdekt. De onafhankelijke controleur, de Auditautoriteit (AA), beoordeelt de kwaliteit van de beheers- en controlesystemen en de declaraties. In Nederland is de rol van onafhankelijke controleur belegd bij de Auditdienst Rijk (ADR). Het foutpercentage in de einddeclaratie van een fonds mag niet hoger zijn dan 2 procent. Zoals blijkt uit de Nationale Verklaring 2019 (bijlage 3 bij dit jaarverslag) wijzen de controlerapporten van de AA uit dat in Nederland de beheers- en controlesystemen in het gebroken boekjaar 2017-2018 naar behoren functioneerden. Tabel 3.4.3 geeft een overzicht van de systeemoordelen en de foutpercentages per fonds. De systemen en de maatregelen voor het beheer hebben naar behoren gefunctioneerd. Ook naar behoren is de controle van de gelden voor alle landbouwfondsen, alle structuur- en investeringsfondsen en alle migratie- en veiligheidsfondsen.