De financiële verantwoording is opgesteld overeenkomstig de Comptabiliteitswet. In de instellingswet van 21 december 1995 is opgenomen dat in afwijking van de Comptabiliteitswet de begroting en de financiële verantwoording van het FES uitsluitend op kasbasis worden gepresenteerd. De uitgaven en ontvangsten worden middels verrekeningen ten laste, respectievelijk ten gunste van het FES gebracht. Bepalend voor het dienstjaar waarin de verrekeningen worden geboekt is de valutadatum waarop de boeking door de Rijkshoofdboekhouding (RHB) is verwerkt.

Voor de begroting 2010 gold, op basis van afspraken uit het vorige kabinet, dat het FES een voeding had die gelijk was aan de totale uitgaven. Het in de begrotingsstaat opgenomen bedrag voor de gasbatenvoeding van het FES in 2010 is derhalve gelijk aan de totale uitgaven geraamd voor het jaar 2010.