Het fonds heeft als doel het betalen van kosten in verband met de bestrijding, bewaking en preventie van besmettelijke dierziekten en zoönosen.

Uitbraken van dierziekten hebben een grote impact op de Nederlandse samenleving als geheel en op de agrarische sector, inclusief de aanverwante verwerkende voedselindustrie in het bijzonder. Voor dergelijke potentieel snel om zich heen grijpende dierziekten gelden speciale bestrijdings- en preventieregimes die grotendeels hun wortels kennen in Europese regelgeving. Voor veel van deze dierziekten bevat de Europese regelgeving een plicht tot bestrijding. Daarnaast kan sprake zijn van verplichtingen tot preventieve maatregelen zoals onderzoek naar de aan- of afwezigheid van een dierziekte via het monitoren van (een selectie van) ogenschijnlijk gezonde dieren.

Het Diergezondheidsfonds is een begrotingsfonds dat tot 1 januari 2015 onder andere werd gevuld met de opbrengst van heffingen die door het Productschap Zuivel, het Productschap Vee en Vlees en het Productschap Pluimvee en Eieren werden opgelegd. Vanwege de opheffing van de productschappen is de voeding van het Diergezondsheidsfonds vanaf 2015 voor wat betreft het sectoraandeel nader geregeld. De Gezondheids- en welzijnswet voor dieren (Hoofdstuk VIII Gwwd, artikel 95b, onderdelen a tot en met d,) geeft de mogelijkheid een heffing in te stellen voor het houden van dieren. Hiervan is gebruik gemaakt, waarbij is aangesloten bij de heffingensystematiek zoals deze door de productschappen werd gehanteerd. De inkomsten van de heffingen worden in het fonds gestort. Hiermee worden vanaf 2015 de ontvangsten van het fonds gevormd door jaarlijkse bijdragen vanuit de begroting van EZ, de heffingen op grond van de Gwwd en de middelen die de Europese Unie ter beschikking stelt in verband met het weren en bestrijden van besmettelijke dierziekten.

Het beleid dat aan de basis ligt van de inzet van het DGF is weergegeven in beleidsartikel 6 van de EZ-begroting. De kosten voor inzet van de crisisorganisatie worden eveneens op beleidsartikel 6 begroot en verantwoord.

De begroting van het DGF bevat sinds 2015 ook de kosten van het voorkomen en/of bestrijden van dierziekten waarvoor de financiering door EZ is overgenomen van de productschappen, waaronder de Ziekte van Aujeszky, Salmonella (Se en St), Leukose, en een monitoringsprogramma voor AI, NCD, non-zoönotische Salmonella, en Mycoplasma.