Via de vrije uitkeringen uit het BES-fonds ontvangen de openbare lichamen Bonaire, Sint Eustatius en Saba middelen om hun toebedeelde en deels wettelijke taken naar behoren uit te voeren, net zoals gemeenten middelen krijgen uit het gemeentefonds in Nederland. Het gaat hierbij om vrij besteedbare middelen. Het is - net als bij gemeenten – aan de lokale democratie om ambities te formuleren, eigen inkomsten te genereren en beleidskeuzes te maken.

Het BES-fonds is een beleidsarm fonds. Het is aan de eilanden om verantwoording af te leggen over de via het BES-fonds verstrekte middelen.